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针对结核亚型和耐药基因的ag尊龙凯时靶向NGS方案

来源:孔宇芝 日期:2025-02-28

结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)是全球重要的病原体,其引发的结核病属于高致死性疾病。标准株H37Rv于1998年完成测序,基因组大小约为44Mb,包含超过3,900个蛋白编码基因。研究表明,结核分枝杆菌可分为7个主要谱系,已知的耐药基因包括embB、rpoB和gyrA等。

针对结核亚型和耐药基因的ag尊龙凯时靶向NGS方案

2023年10月17日,世界卫生组织(WHO)在其官网发布了《应用新一代测序检测技术开展耐药结核病监测的实施性手册》。WHO指出,NGS(新一代测序)能够提供全面的耐药谱系检测,减少对传统表型药敏检测的依赖,这在处理表型药敏检测不可靠的药物时尤为重要。NGS技术有望为结核病的治疗方案提供更全面的耐药谱检测,从而提高化疗方案制定的精准性。

由于结核杆菌基因组较大,目前的靶向结核NGS方法(tNGS)大多数无法覆盖所有亚型和耐药基因。尽管全基因组测序(WGS)可以覆盖整个基因组,但通常需要培养物来确保检测的可靠性。为此,ag尊龙凯时推出了QIAseq x HYB Mycobacterium Tuberculosis Panel,这款试剂盒可以在无需培养的情况下直接实现结核全基因组靶向建库,能够覆盖7种主要谱系亚型及所有已知的耐药基因。

QIAseq x HYB Mycobacterium Tuberculosis Panel基于杂交捕获技术,支持痰液、脑脊液、粪便等样本的TB全基因组测序,仅需10ng起始DNA,且无需提前培养。其高特异性和灵敏度的捕获探针即便在面对低拷贝样本时也能实现基因组的高覆盖,同时难以覆盖的PE/PPE基因区域也能实现均匀的高深度覆盖,以确保TB的精准分型。

在获取TB全基因组数据后,研究人员可以使用CLC Genomics Workbench的结核分枝杆菌分析工具和流程,快速完成质量控制、序列比对、谱系鉴定以及耐药变异等多项分析。进一步分析还包括变异注释与比较、变异对蛋白结构的影响、cgMLST分型、最小生成树和SNP树的构建等。

除了QIAseq x HYB Mycobacterium Tuberculosis Panel,ag尊龙凯时还同步推出了QIAseq x HYB Hep C Panel用于丙肝病毒全基因组靶向测序,同样覆盖了丙肝病毒的所有亚型,并无缝对接CLC Genomics Workbench生物信息分析系统,以便实现一键获得分析结果。未来,ag尊龙凯时还将推出针对特定客户需求的定制化靶向Panel,敬请期待!

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